Esta reserva, creada en 1990, está divida en siete sectores localizados dentro de la comuna de San Pedro de Atacama. Cada sector tiene un relieve, flora, fauna e hidrografía distinto. El sector Salar de Tara - Aguas Calientes se encuentra al este de San Pedro, a 5 horas de viaje. Aquí se encuentra el salar y laguna de Tara, el río Zapaleri, el salar de Aguas Calientes 1 y la Laguna Negra. Los animales que habitan esta área son la vicuña, zorro culpeo y la flora está compuesta por la tola de agua y amaia. El sector Salar de Pujsa está ubicado un poco más al sur que el de Tara-Aguas Calientes, al igual que el anterior el relieve presenta planos ondulados, una depresión intermontaña y los cerros Negro de Pujsa y Balle. La fauna esta compuesta por vizcachas, chululos, flamencos, ñandúes, cóndores y aguiluchos, entre otros. El sector Lagunas Miscanti - Miñiques está situado al sur del pueblo de Socaire y se caracteriza por las bellas lagunas que le dan nombre, por una rica y variada fauna compuesta por flamencos, patos juarjual, ñandúes, aguiluchos y tucúqueres, entre otros. Su relieve montañoso esta compuesto por cerros y volcanes, alcanzando una altura máxima de 5.910 msnm. En el Salar de Atacama existen dos sectores de la reserva: Soncor y Quelana. Siendo parte de este salar el relieve de estas zonas es plano y salino, a una altura de 2.300 msnm. En ellos habitan varias especies de aves siendo la más característica el flamenco. Destacan las lagunas Puilar, chaxas y Barros Negros, como parte del sistema hídrico de la reserva, y el cachiyuyo, la brea y grama salada, como parte de la flora.
